Le port de Gergy mentionné par Dumorey à la fin du 18è siècle ("le port de Gergy est le même que celui de Raconnay : on y charge du bois, du charbon, des fourrages, de la tuile et de la brique") ne possédait probablement pas d’aménagements particuliers. Des perrés, rampes et escaliers ont été aménagés au 19è siècle, comme on peut le voir sur les cartes topographiques de la Saône (vers 1865). Mais à cette époque, c'est le port voisin de Raconnay qui semble plus important. La rampe qui prolonge le ponceau du Creux d'Enfer était utilisée pour le passage d'eau qui permettait de relier Gergy à Verjux. Elle a été achevée en 1857 (cf. J.-C. Mallard) ; ce que confirment les Renseignements statistiques dressés en 1860 (3 S 9) pour le bac de Gergy : rampes d'accès à talus perroyés, remblais et empierrements construits de 1850 à 1857.

C'est dans le deuxième quart du 20è siècle que le port de Gergy est devenu un port spécialisé dans la manutention des hydrocarbures, tel que le défini M. Demortière. En effet, en 1917, le dépôt de matériel et conditionnement d’essence d’Oullins (Rhône) a été transféré à Gergy. La présence de la Saône est un critère déterminant pour l’acheminement des produits pétroliers provenant des raffineries, de même que celle du chemin de fer. Le site s’accroît dans les années suivantes et en 1925, une station de chargement et de déchargement est prévue en bord de Saône avec magasin, passerelle, grue et station de pompage. Un pipeline est également prévu pour relier la station aux réservoirs du dépôt. Mis en vente en 1985, la commune s’est portée acquéreur de l’ensemble pour y développer le tourisme fluvial en associant halte nautique et camping. L’installation de ponton et le réaménagement du bâtiment en salle d’accueil et de restaurant a redonné un nouvel usage à ce site qui a été inauguré en mai 1992.