Le presbytère a été bâti au 18e siècle comme l’indique la date (17?2) gravée au-dessus du portail, probablement sur les fondations d’un édifice médiéval contemporain de l'ancienne église. Il intègre, en réemploi dans la maçonnerie de la façade est, des linteaux en accolade plus anciens. Si les archives des délibérations de la communauté d'habitants de Rupt ne donnent aucune précision sur l’édifice, on peut observer une différence de traitement entre ses murs et ceux de l'église paroissiale de la Nativité de la Vierge (reconstruite à partir de 1751) contre laquelle il s'appuie. De plus, le raccordement entre les deux constructions n’est pas homogène et le niveau du sol du presbytère a été surélevé de deux mètres environ par rapport à celui de l’église, d'où l'hypothèse que son aménagement est postérieur à l'achèvement de cette dernière en 1755. Par ailleurs, une délibération de la communauté de Rupt vers 1770 le décrivant tel qu'il est aujourd'hui, il aurait donc été construit entre 1755 et 1770. En 1774, des modifications sont réalisées par le sculpteur Claude-Dominique Lhuillier et par le maçon Jean-Baptiste Grillot, d'après le devis de l'architecte Claude-Etienne Chognard (1738-1776). L'édifice est vendu à l'époque révolutionnaire et, le 20 juillet 1807, un décret autorise la commune à l'acquérir du sieur Seguin. Les remaniements du 19e siècle, au niveau des toits, des plâtres et des huisseries, n'ont pas altéré le parti architectural initial.