Le village de Rupt-sur-Saône est séparé de la Saône, au sud, par une bande de terrain humide appelé Au Petit Breuil dévolue au pâturage. Il est dominé par trois collines, dont chacune porte le symbole du pouvoir aristocratique et religieux : le château, dont il reste le donjon du 13e siècle, l'église paroissiale de la Nativité de la Vierge, reconstruite en 1751 (à proximité du presbytère et du cimetière), et les vestiges du couvent de minimes, élevé à partir de 1700 et détruit à la Révolution (dont le lieu-dit le Couvent garde la mémoire). Ses entrées sont signalées par une croix de chemin, dont l'ensemble délimite la paroisse.

La comparaison entre le cadastre napoléonien de 1837 et le cadastre actuel montre que Rupt a peu évolué entre ces deux dates. C'est un village-rue qui s'étire le long d'un axe principal sud-ouest nord-est constitué en venant de Vy-lès-Rupt par la rue du Pâquis, prolongée par celle de la Dame Blanche en direction de Port-sur-Saône. Cet axe est complété par deux rues secondaires : la rue de la Fontenotte en direction d'Ovanches (sud-est) et celle de la Garenne en direction du château (nord-ouest). Tout au long de ces rues s'élèvent des fermes et des demeures, dont se distingue par ses deux tours carrées en façade celle construite au 18e siècle rue de la Dame Blanche par la famille Lange de Ferrière. Les autres bâtiments témoignent de l'activité agricole passée du village, omniprésente jusque dans la décennie 1970 (il comptait alors 26 agriculteurs mais en 2016, ils ne sont plus que deux réunis en GAEC). Certaines des fermes ont cependant connu une double fonction, associant à l'activité agricole un café (1 rue de la Fontenotte), un atelier de bourrelier-charron (10 rue du Pâquis), un atelier de sabotier (1 ruelle du Moulin), etc.

Le village ne possède qu'une place : celle du Centre, devenue place de l'Abondance depuis qu'elle accueille une fontaine surmontée d'une statue de l'Abondance. Face à elle, de l'autre côté de la rue, s'élève le monument aux morts, édifié en 1920 par l’entreprise du Vésulien Georges Halley.

Les édifices publics sont en nombre réduit. Remplaçant une ferme, la mairie est bâtie rue du Pâquis au début des années 1840 sur des plans de l'architecte Jean-Baptiste Ridoux ; elle accueille aussi l'école primaire de garçons, le logement de l'instituteur et le dépôt de pompes à incendie. Le même Ridoux dessine l'école de filles, édifiée en 1851 rue de la Dame Blanche.

L'eau est omniprésente à Rupt du fait des nombreux ruisseaux qui dévalent les collines pour rejoindre la Saône. Le village est donc équipé de plusieurs fontaines et abreuvoirs, issus notamment d'une campagne de construction à la fin de la décennie 1870 et au début de la suivante suivant les projets des architectes départementaux Dodelier et Desgranges. La plupart est en fonte, issue de la fonderie de La Romaine, mais d'autres sont en pierre, qui participent à l'aménagement architectural du village : fontaine-lavoir proche de la mairie-école, fontaine-lavoir et abreuvoir de la rue de la Fontenotte.