Au début des années 1840, un port à gradins a été aménagé à cet endroit pour faciliter l'embarquement et le déchargement des marchandises. D'une longueur de près de 200 mètres, il pouvait contenir cinq bateaux de canaux sur une seule ligne selon le Rapport à l'appui d'un projet présenté pour l'amélioration du port St Jean de Maizel à Chalon et le prolongement de ce port jusqu'au canal du centre présenté en avril 1851 par l'ingénieur Marx (3 S 43). La nécessité d'agrandir ce port se justifie à l'époque par la proximité du port des Messageries (à l'amont) dont l'accès est rendu difficile par la largeur qu'occupe les bateaux en rivière. Il est également proposé de supprimer les rampes d'abreuvoir qui empêchent l'accès au port. Sur la carte de la Saône dressée en 1862, le port Saint-Jean apparaît toujours avec ses deux rampes, en amont de l'ancien débouché du canal du Centre.

À partir de 1951, le port a été remblayé pour permettre le passage de la voie de circulation actuelle.